Yeni model YZF-R1 2007, 9 Ekim 2006’da tanıtıldı. Temel farklar, tamamen güncellenen tek sıralı 4 silindirli motor ve 5 markaya rağmen, silindir başına geleneksel 4 valfe geri dönmüştü.
Diğer yeni özellikler – Yamaha Chip Control Intake (YCC-I) – otomatik olarak değişken emme manifoldu uzunluğu, Yamaha Chip Control Throttle (YCC-T) – otomatik olarak ayarlanabilir gaz kelebeği, elektro-uzaktan kumanda gaz sistemi, kayma kavraması, tamamen güncellenmiş alüminyum çerçeve Deltabox ve sarkaç, 6 pistonlu radyal olarak monte edilmiş kaliperler ve 310 mm fren diskleri, daha geniş bir radyatör ve kaplamanın önündeki yeni büyük hava girişleri üzerine M1’in dış tasarımı.
2008, BNG navigasyon sistemi ile sunulmuştu.